建立長白山保護區的目的是保護：

主要保護對象為溫帶森林生態系、自然歷史遺跡和珍稀動植物。

長白山是我國少見的、比較典型的火山地貌區域。保護區最高峰海拔2770米，為東北地區第一峰。區內分布著河谷、沼澤、台地、山坡、高原、高山湖泊、火山口等地貌類型。復雜的生境條件，構成了植物分布的垂直地帶性和多樣性。據調查，區內分布有野生植物2540多種，野生動物364種，其中東北虎、梅花鹿、中華秋沙鴨、人參等動植物為國家重點保護的物種，這在整個東地區是非常少見的。豐富的自然資源、得天獨厚的自然環境，使長白山成為一座天然的自然博物館。該保護區的建立不僅在生物多樣性保護方面具有極為重要的意義，而且在開展科學研究、教學實習和旅游等方面也具有非常重要的意義。