轉錄所必須的。但亦可能僅是譬如說轉錄終止所必須的。但是，在這一類因子中，要嚴格區分開哪些是rna聚合酶的亞基，哪些僅是輔助因子，是很困難的。
(3)某些轉錄因子僅與其靶啟動子中的特異順序結合。如果這些順序存在於啟動子中，則這些順序因子是一般轉錄機構的一部分。如果這些順序僅存在於某些種類的啟動子中，則識別這些順序的因子也只是在這些特異啟動子上起始轉錄必須的。
黑腹果蠅的rna聚合酶需要至少兩個轉錄因子方能在體外起始轉錄。其中一個是b因子，它與含tata盒的部位結合。人的因子tfⅱd亦和類似的部位結合。同樣，ctf(caat結合因子)則與腺病毒的主要晚期啟動子中與caat盒同源的部位相結合。結合在上游區的另一個轉錄因子是usf(亦稱mltf)，則可以識別腺病毒晚期啟動子中靠近-55的順序。轉錄因子sp1則能和gc盒相結合。在sc40啟動子中有多個gc盒，位於-70到-110之間。它們均能和sp1相結合。然而含有gc盒的不同的dna順序與sp1的親和力卻各不相同。可見gc盒兩側的順序對sp1-gc盒的結合究竟如何能影響轉錄。有時候需要幾個轉錄因子才能起始轉錄。例如胞苷激酶的啟動子需要sp1與gc盒結合和ctf與caat盒結合;腺病毒晚期啟動子需要tfⅱd與tata盒結合和usf與其鄰近部位相結合。以上所述的因子是一般轉錄都需要的，似乎並沒有什麼調節功能。另一些轉錄因子則可以調控一組特殊基因的轉錄。熱休克基因就是一個很好的例子。真核生物的熱休克基因在轉錄起始點的上游15bp處有一個共同順序。hstf因子僅在熱休克細胞中有活性。它與包括熱休克共同順序在內的一段dna相結合，所以這個因子的激活可以引起約包括20個基因的一組基因起始轉錄。在這裡，轉錄因子和rna聚合酶ⅱ之間關系很類似細菌的σ因子與核心酶之間的關系。
不深入了解的話，轉錄因子可以認為是蛋白，其與dna的特異區段能結合，其結合部位的特點主要是四個：亮氨酸拉鏈，鋅指結構，hlh：螺旋－環－螺旋；hth：螺旋－轉折－螺旋。具體的還可以細查
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